Mobile Suit Gundam SEED FREEDOM (2024) ในปี C.E. 75 หนึ่งปีหลังจากการสิ้นสุดของสงครามพันธมิตร-โรงงานครั้งที่สอง ซากของกลุ่มก่อการร้ายที่ต่อต้านผู้ประสานงาน บลู คอสมอส ได้นำการโจมตีหลายครั้งในประเทศอื่น ๆ บนโลกคอมพาส ซึ่งเป็นองค์กรติดตามสันติภาพโลกภายใต้หัวหน้าผู้แทน ออร์บ คากัลลิล ยูล่า อัททา และ เลคัส ไคลน์ ก่อตั้งขึ้นเพื่อส่งเสริมสันติภาพบนโลกและ แพลนทส์ โดยฝ่ายหลังทำหน้าที่เป็นประธาน ผู้บัญชาการโมบิลสูทขององค์กร
คิระ ยามาโตะ นำทีมของเขา ชินน์ อาซึกะ ลูนามาเรีย ฮอว์ก และแอกเนส กิเบนราธจากเรือรบมิลเลนเนียม เพื่อเข้าไปแทรกแซงและทำลายซากที่เหลือ ในการประชุมใน แพลนทส์ ลาคัส ยอมรับอย่างเปิดเผยถึงความหวังของเธอที่จะยุติความขัดแย้งอย่างรวดเร็วและปรารถนาที่จะปลดปล่อย คิร่า จากความขัดแย้ง ในขณะที่เขาแสดงฝันร้ายที่เกิดขึ้นซ้ำๆ อย่างเปิดเผยในบ้านของพวกเขา รัฐบาลแห่งอาณาจักรที่แตกแยกในยูเรเซีย มูลนิธิเสนอปฏิบัติการร่วมกับคอมพาสเพื่อต่อต้านบลูคอสมอส ลัคส์เล่าให้คิระฟัง และทั้งคู่ตกลงที่จะเข้าพบรัฐบาลเพื่อยอมรับปฏิบัติการดังกล่าว
มิลเลนเนียม ลงมายังโลก พร้อมด้วยเรือรบ อานซ์ชานเจลล์ ซึ่งได้รับคำสั่งจาก เมอร์เรอร์ มาริอัส และมาถึงอาณาจักร นายกรัฐมนตรี อภี ลำเตา และนางออร่า ผู้นำมูลนิธิฯ เข้าพบคณะฯ กลุ่มนี้ยังได้พบกับทีมโมบิลสูทที่ชื่อว่า แบล็ค ไนท์ แต่ทีมกลับปฏิเสธพวกเขาด้วยความซับซ้อนที่เหนือกว่า มูลนิธิเสนอการดำเนินการร่วมกับ เอิร์ธ อัลลิอั้นซ์ และ คอมพาส เพื่อกำจัดเศษที่เหลือ และทั้งสองฝ่ายก็เห็นด้วย ในสหัสวรรษ แอกเนสจีบคิระอย่างเปิดเผย ซึ่งลัคส์ได้ยินและวิ่งหนีไป คิระพยายามตามหาเธอแต่กลับต้องเผชิญหน้ากับออร์ฟี ซึ่งยืนยันว่าเขาเป็นคู่หูที่เหมาะสมกับลัคส์มากกว่าคิระ
ในระหว่างปฏิบัติการ มูลนิธิเปิดเข็มทิศและพันธมิตรโลก โดยที่ออร์ฟีรับอัศวินดำเพื่อดึงคิระออกไป จิตใจของคิระถูกครอบงำโดยอัศวินดำ ซึ่งทำให้เขาเชื่อว่าเขากำลังไล่ตามผู้นำบลูคอสมอส เขาข้ามเข้าไปในดินแดนของยูเรเซีย และถูกโจมตีเพื่อตอบโต้ โดยไม่สนใจคำเตือนจากพันธมิตรโลก
คิระถูกตราหน้าว่าเป็นคนทรยศและถูกอัศวินครอบงำ แอกเนสทรยศต่อคอมพาสและช่วยเหลืออัศวินในการเอาชนะคิระที่ปฏิเสธเธอ เหล่าอัศวินยิงขีปนาวุธนิวเคลียร์จากด่านหน้าของทหารยูเรเซียที่ถูกแย่งชิง เพื่อทำลายอาณาจักรและสำนักงานใหญ่ของรัฐบาลเพื่อล้อมกรอบยูเรเซีย
เทวทูตมองเห็นการยิงขีปนาวุธ แต่ถูกอัศวินซุ่มโจมตีและทำลาย ชินน์ก็พ่ายแพ้ต่ออัศวินเช่นกันแต่ได้รับการช่วยเหลือจากฮิลดา ด้วยความช่วยเหลือของ อัธรุน ซาลา, เมอร์ริน ฮอว์ก และ มูร่า ฟลากา ลูกเรือหลายคนของ อานซ์ชานเจลล์ สามารถเอาชีวิตรอดจากการสู้รบได้ อย่างไรก็ตาม ลูคัสถูกผู้นำของสถาบันพาไปยังฐานในอวกาศ
